一开始他的研究方向也是鱼类分类学，在梁子湖调查期间，得知湖中有团头鳊，而此前并无文献记载。这种鱼后被确认为新种，定名为“团头鲂”，即武昌鱼，要是没有刘委员的命名，就没有“才饮长沙水，又食武昌鱼”的词句。
此后耗费二十年时间，编纂了《长江鱼类》，此书共40余万字，记录了200多种鱼类生长习性，这是中国第一部淡水鱼类生态学专著。
后来他为了解决人民吃鱼难的问题，他把研究方向转向鱼类养殖学和生态学研究，七十年代开始主持开展东湖渔业增产和稳产高产试验，提出调整放养对象、提高鱼种规格、改进拦鱼设施、控制凶猛鱼类和改革捕捞技术等五项措施，东湖鱼产量连续7年平均每年以23.5%的幅度递增，从1971年的180吨，提高到1978年的801吨。
又通过调查长江宜昌江段鱼产卵场的分布情况，成功进行了草鱼和鲢鱼的人工授精和孵化；他们给未充分性成熟的青鱼注射鱼类脑垂体催情，使其提前产卵，为日后中国“四大家鱼”人工繁殖打下了基础。
李耒倒水的功夫，熊教授也简单地给刘委员介绍了他的情况，“小李是农学院毕业的，如今响应国家号召，回村带领乡亲们勤劳致富，他在育种方面也有自己的认识，给了我不少启发！”
熊教授兴致勃勃地说起了计算机软件在育种方面的作用，刘委员也很是好奇，“这应该是数量遗传学的具体应用，我们所倒是也有几台计算机，但还没有这么好用的软件，什么时候有空去你哪儿看看？瞅瞅能不能用在鱼类育种上。”
水生生物研究所的规模可比熊教授的小作坊大多了，经费更是多了不知道几个数量级，所以才有钱购置计算机。
“这个你就要问小李了，我是只知其然而不知所以然啊，只勉强会用，更深的理论就不太了解了！”熊教授其实不是不懂，他只是想给李耒创造一个露脸的机会而已。
“的确如此，数量遗传学为育种提供了理论基础，但是在实际应用中太考验育种人员的数学功底了；所以欧美国家便开始尝试引入计算机来处理复杂的计算过程，我得知这一信息后，便和一位浙大数学系毕业的高材生合作，开发出了几款用于育种的软件！”李耒给刘委员介绍了一番背景。
然后正式回答刘委员的问题，“鱼类育种和猪育种所涉及的数据不同，关注的重点也不相同，所以直接把软件拿来用肯定是不行的；不过可以做个参考，请几位武大计算机系的专家过来，您提出要求，让他们为您编写软件就可以了。”
李耒没推荐史玉柱，因为水生所和武大不远，武大的计算机也是很强的，虽然雷军要到明年才会入学，可找几个人帮忙编写软件肯定不成问题。
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